北海海事法院设有办公室、政治部、立案庭、海事庭、海商庭、执行庭、研究室、监察室、法警支队、贵港法庭、防城港法庭、景洪法庭等 １２个工作部门。各部门的职责如下：
办公室
一、负责文件、机要、保密工作。
二、负责档案管理工作。
三、负责督促检查工作。
四、负责行政管理和后勤保障工作。
五、负责财务管理和固定资产管理工作。
六、负责办公现代化工作。
七、负责基本建设工作。
八、负责院领导交办的其他工作。
政治部
一、负责全院的政治思想工作。
二、负责人事管理工作。
三、负责教育培训工作。
四、负责党组中心组学习的日常工作。
五、负责院党组会议的通知、记录、纪要整理和归档工作。
六、抓好党组织建设，建立健全党的组织和制度，抓好党员的发展和教育管理工作，严格党的生活，保障党员民主权利，从思想上、政治上、组织上、作风上加强党的建设。
七、负责工会、共青团、法官协会工作的日常管理，积极协助开展各项活动，帮助解决活动中的具体问题。
八、负责抓好本院计划生育工作的落实。
九、完成院党组和院领导交办的其他工作任务。
立案庭
一、审查起诉
立案庭负责对当事人提出的诉讼依法进行审查，符合条件的应立即立案，并移送审判庭；对不符合受理条件的，依法说明理由和法律依据。
二、申请再审、申诉的立案审查
对当事人提出的申诉或者申请再审申请，认为符合条件的，应当登记后立卷审查。
三、审限监督
立案庭负责对海事海商案件的审限进行监督。对审限即将到期（普通程序距审限2个月、简易程序距审限1个月）仍未审结的案件向案件承办人发出催办通知书，催促其限期审结。对超审限审结的案件，报相关部门按规定处理。
四、处理群众来信来访
立案庭负责处理信访工作的日常事务，接待处理公民、法人和其他组织的来信来访，转办非诉讼来信来访。。
五、司法统计
立案庭负责及时将收结的每一案件信息输入司法统计系统。每月准确、及时报送上级法院要求的各类案件统计报表，并向院领导和有关业务部门提供案件统计台帐。
六、完成院领导交办的其他工作。
海商庭
一、案件审判职责
（一）依照法律规定审理下列案件：
（1）海上、通海水域货物运输合同纠纷案件；（2）海上、通海水域旅客和行李运输合同纠纷案件；（4）船舶经营管理合同纠纷案件；（4）船舶的建造、买卖、修理、改建和拆解合同纠纷案件；（5）船舶抵押合同纠纷案件；（6）船舶租用合同纠纷案件，其中包括光船租赁（含租购）、定期租船、航次租船合同纠纷案件；（7）船舶融资租赁合同纠纷案件；（8）沿海、通海水域的运输船舶的承包合同纠纷案件；（9）渔船承包合同纠纷案件；（10）船舶属具和海运集装箱租赁、保管合同纠纷案件；（11）港口货物保管合同纠纷案件；（12）船舶代理合同纠纷案件；（13）与海上或者通海水域的船舶运输有关的货运代理合同纠纷案件；（14）船舶物料、备品供应合同纠纷案件；（15）船员劳务合同纠纷案件；（16）海难救助、海上打捞合同纠纷案件；（17）拖航合同纠纷案件；（18）海上保险、保赔合同纠纷案件；（19）海上、通海水域运输联营合同纠纷案件；（20）与船舶营运有关的借款合同纠纷案件；（21）海事担保合同纠纷案件；（22）其他海商合同纠纷案件；（23）船舶所有权、占有权、使用权、抵押权、留置权和优先权的纠纷案件；（24）海事支付令案件。
（二）审理院里交办的其他案件。
二、其他审判职责
（一）对案件管辖权及当事人提出的管辖权异议，进行审查，并依法作出处理，对没有管辖权的案件，应及时移送有管辖权的法院审理。
（二）审理中发现不符合起诉条件的，及时作出驳回起诉的裁定。
（三）对当事人提出的诉讼保全进行审查，作出裁定并予以执行；对当事人或案外人提出诉讼保复议或异议的进行审查并作出处理。
（四）对当事人提出的请求法院调取证据的申请进行审查，对符合规定的，及时调查取证，对不符合规定的，通知驳回其申请。
（五）根据案件审理的需要和当事人的申请，委托有关部门进行鉴定、评估、审计等。
三、行政管理职责
（一）负责抓好本庭人员岗位目标责任制的落实；
（二）开展法制宣传；
（三）负责案卷的装订和归档；
（四）负责上诉案卷的移送；
（五）负责接待诉讼当事人的来访；
（六）完成与海商审判相关的调研课题和学术论文，编写典型案例，撰写海商审判方面的信息；
（七）草拟或修订海商审判方面的审判管理规章制度。
四、其他职责
（一）负责法庭相关工作的指导；
（二）完成上级法院交办的有关海商审判方面的工作；
（三）完成院领导交办的其他工作。
海事庭
一、案件审判职责
（一）依照法律规定审理下列案件：
（1）船舶碰撞损害赔偿案件，包括浪损等间接碰撞的损害赔偿纠纷案件；（2）船舶触碰海上、通海水域、港口及其岸上的设施或者其他财产的损害赔偿纠纷案件，其中包括船舶触碰码头、防波堤、栈桥、船闸、桥梁以及触碰航标等助航设施和其他海上设施的损害赔偿纠纷案件；（3）船舶损坏在空中架设或者在海底、通海水域水下敷设的设施或者其他财产的损害赔偿纠纷案件；（4）船舶排放、泄漏、倾倒油类、污水或者其他有害物质，造成水域污染或者他船、货物及其他财产损失的损害赔偿纠纷案件；（5）海上或者通海水域的航运、生产、作业或者船舶建造、修理、拆解或者港口作业、建设，造成水域污染、滩涂污染或者他船、货物及其他财产损失的损害赔偿纠纷案件；（6）船舶的航行或者作业损害捕捞、养殖设施、水产养殖物的赔偿纠纷案件；（7）航道中的沉船沉物及其残骸、废弃物，海上或者通海水域的临时或者永久性设施、装置不当，影响船舶航行，造成船舶、货物及其他财产损失的损害赔偿纠纷案件；（8）船舶在海上或者通海水域进行航运、作业，或者港口作业过程中的人身伤亡事故引起的损害赔偿纠纷案件；（9）非法留置船舶、船载货物和船舶物料、备品纠纷案件；（10）在海上或者通海水域、港口的运输、作业（含捕捞作业）中发生的重大责任事故引起的赔偿纠纷案件；（11）港口作业纠纷案件；（12）共同海损纠纷案件；（13）海洋开发利用纠纷案件；（14）从事海上或者通海水域运输、渔业生产的船舶共有人之间的经营、收益、分配和财产分割纠纷案件；（15）海运欺诈纠纷案件；（16）申请认定海事仲裁协议效力的案件；（17）申请撤销海事仲裁裁决案件；（18）申请认定海上或者通海水域财产无主的案件；（19）申请无因管理海上、通海水域财产的案件；（20）申请因海事事故宣告死亡的案件；（21）诉前财产保全案件（包括海事请求权人为保障其海事请求权的实现，在诉讼前申请扣押船舶、船载货物、船用物料及备品、船用燃油的案件）；（22）因申请海事请求保全错误或者请求担保数额过高引起的损害赔偿纠纷案件；（23）海事强制令案件；（24）海事证据保全案件；（25）因错误申请海事强制令、海事证据保全引起的损害赔偿纠纷案件；（26）海事公示催告案件；（27）设立海事赔偿责任限制基金案件；（28）审查申请承认、执行外国仲裁机构海事仲裁裁决的案件；（29）审查申请承认和协助执行外国法院裁决的海事海商案件；（30）海事行政案件；（31）负责对执行案件案外人执行异议的审查。
（二）审理院里交办的其他案件。
二、其他审判职责
（一）对案件管辖权及当事人提出的管辖权异议，进行审查，并依法作出处理，对没有管辖权的案件，应及时移送有管辖权的法院审理。
（二）审理中发现不符合立案条件的，及时作出驳回起诉的裁定。
（三）对当事人提出的诉讼保全进行审查，作出裁定并予以执行；对当事人或案外人提出诉讼保复议或异议的进行审查并作出处理。
（四）对当事人提出的请求法院调取证据的申请进行审查，对符合规定的，及时调查取证，对不符合规定的，通知驳回其申请。
（五）根据案件审理的需要和当事人的申请，委托有关部门进行鉴定、评估、审计等。
三、行政管理职责
（一）负责抓好本庭人员岗位目标责任制的落实；
（二）开展法制宣传；
（三）负责案卷的装订和归档；
（四）负责上诉案卷的移送；
（五）负责接待诉讼当事人的来访；
（六）完成与海事审判相关的调研课题和学术论文，编写典型案例，撰写海事审判方面的信息；
（七）草拟或修订海事审判方面的审判管理规章制度。
四、其他职责
（一）负责法庭相关工作的指导；
（二）成上级法院交办的有关海事审判方面的工作；
（三）完成院领导交办的其他工作。
执行庭
一、负责执行下列案件：
（一）本院立案庭立案执行的案件；
（二）上级法院指定执行的案件；
（三）其他法院委托、移送执行的案件；
（四）本院派出法庭立案执行的复杂、疑难和涉及面广、影响大的案件；
二、其他工作任务：
（一）负责抓好本庭人员岗位目标责任制的落实；
（二）指导派出法庭的执行工作；
（三）负责执行案卷的装订和归档；
（四）开展专项执行工作调研、完成与执行工作有关的调研任务，提供执行工作方面的信息；
（五）完成院领导交办的其他工作任务。
研究室
一、提出开展调查研究工作的建议和计划；组织落实本院领导或者上级法院指定、委托的调查研究课题任务；协调本院审判庭和其他部门开展综合性的调查研究活动；组织交流和推广调查研究成果。
二、总结审判工作经验，掌握审判工作综合情况，为领导科学决策和宏观指导提出意见和建议。
三、负责全院性重大材料、重要文件、领导讲话稿的起草，负责全院年度工作要点、工作总结的撰写。
四、负责信息简报的收集、编发。
五、从审判研究的角度出发，有选择性地参与案件审理工作。
六、负责图书室和公用图书资料及报刊杂志征订、购置、分发、管理。
七、负责本院网站的管理、维护工作。
八、负责本院院志、审判志、大事记和地方志的编写工作。
九、承担审判委员会议记录、会务等日常工作。
十、负责法制宣传、案例编写报送工作。
十一、协助院领导开展审判工作管理，完成院领导交办的其他工作。
监察室
一、检查本院及其法官和其他工作人员遵守和执行国家法律、法规的情况；
二、制定和完善本院廉政制度，检查本院及其法官和其他工作人员执行廉政制度的情况；
三、受理对本院及其法官和其他工作人员违纪违法行为的控告、检举；
四、调查处理本院及其法官和其他工作人员违反审判纪律、执行纪律及其他纪律的行为；
五、受理本院法官和其他工作人员不服纪律处分的复议和申诉；
六、组织协调、检查指导纠正本院审判工作、执行工作和其他工作中损害群众利益的不正之风；
七、组织协调、检查指导本院预防腐败工作，开展对本院法官和其他工作人员司法廉洁和遵纪守法的教育。
八、完成上级法院监察部门和本院领导交办的其他工作。
法警支队
一、组织落实司法警察工作的条例、规定、办法。
二、组织司法警察的教育培训和业务技能训练。
三、负责枪支弹药、警械、警具等警察装备的管理。
四、负责本院机关的社会治安综合治理和防火、安全保卫工作，处理突发事件。
五、负责本院审判开庭的值庭和其他执勤任务。
六、协助和参与有关案件的执行以及法律文书送达工作。
七、负责节假日值班的安排和管理落实。
八、负责安全防范系统的监看、值班和相关管理工作。
九、负责保卫人员的管理。
十、负责院领导交办的其他工作。
贵港法庭
一、负责审理广西壮族自治区所属河流水域即西江（广西段）、浔江、郁江、邕江、黔江发生的海事侵权纠纷案、海商合同纠纷案和其他海事海商纠纷案。
二、负责执行本庭审结的案件（除需交执行庭执行以外）。
三、通过审判案件，开展法制宣传教育。
四、负责本庭人员岗位目标责任制的落实。
五、负责建立健全法庭各项工作制度和管理制度，抓好对法庭工作人员、审判工作、行政事务工作的日常管理。
六、结合审判工作开展调查研究，总结审判经验，完成有关调研、信息工作任务。
七、负责对法庭财务、资产的日常管理。
八、定期向立案庭报送收结案情况。
九、负责本庭案件、档案、装订和归档工作。
十、负责本辖区内的信访工作。
十一、协助院办公室抓好法庭的基建工作。
十二、完成院领导和院部交办的其他工作。
防城港法庭
一、负责审理钦州港、防城港两港区域及其周边的南流江、大风江、钦江、防城区、三娘湾、珍珠港、东兴港等港口的海事海商案件。
二、负责执行本庭审结的案件（除需交执行庭执行以外）。
三、通过审判案件，开展法制宣传教育。
四、负责本庭人员岗位目标责任制的落实。
五、负责建立健全法庭各项工作制度和管理制度，抓好对法庭工作人员、审判工作、行政事务工作的日常管理。
六、结合审判工作开展调查研究，总结审判经验，完成有关调研、信息工作任务。
七、负责对法庭财务、资产的日常管理。
八、定期向立案庭报送收结案情况。
九、负责本庭案件、档案、装订和归档工作。
十、负责本辖区内的信访工作。
十一、协助院办公室抓好法庭的基建工作。
十二、完成院领导和院部交办的其他工作。
景洪法庭
一、负责审理澜沧江至湄公河流域发生的海事侵权纠纷案、海商合同纠纷案和其他海事海商纠纷案。
二、负责执行本庭审结的案件（除需交执行庭执行以外）。
三、通过审判案件，开展法制宣传教育。
四、负责本庭人员岗位目标责任制的落实。
五、负责建立健全法庭各项工作制度和管理制度，抓好对法庭工作人员、审判工作、行政事务工作的日常管理。
六、结合审判工作开展调查研究，总结审判经验，完成有关调研、信息工作任务。
七、负责对法庭财务、资产的日常管理。
八、定期向立案庭报送收结案情况。
九、负责本庭案件、档案、装订和归档工作。
十、负责本辖区内的信访工作。
十一、协助院办公室抓好法庭的基建工作。
十二、完成院领导和院部交办的其他工作。
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